Možemo imati pohranjeno nekoliko verzija istog dokumenta. Sustav omogućuje sljedivost pristupa i rad s pojedinačnim dokumentima. Dokumenti se mogu zaštititi od neovlaštenog dodavanja, pregleda, izmjene i uklanjanja iz upotrebe.
Autentičnost i cjelovitost pohranjenih dokumenata osiguravamo njihovim digitalnim potpisivanjem. Dokumente bilo kojeg formata možemo potpisati potpisivanjem omotnice koja sadrži dokument i potpis. Za potpisivanje nam je potreban važeći digitalni certifikat. Osim samog potpisa, možemo napisati i svrhu potpisivanja. PDF dokumenti se također mogu potpisati izravno prema standardima za potpisivanje PDF datoteka. U trenutku potpisivanja, vrijeme potpisa može se dobiti s lokalnog računala ili od certificiranog pružatelja usluga Time Stamping Authority (TSA).
U slučaju da korisnik osim Saop sustava koristi i druga rješenja za upravljanje poslovanjem i treba prikazati dokumente pohranjene u eRegistratoru ili želi spremiti dokumente izravno u eRegistrator, to može učiniti putem posebnog programskog sučelja koje brine o povezivanju eRegistratora s vanjskim svijetom. U ovom načinu pristupa koriste se iste sigurnosne ovlasti kao i u pristupu putem Saop sustava.
Skup dokumenata koji se odnose na određeni slučaj (npr. kupnja, prodaja itd.) može se grupirati u mapu. Mape omogućuju jednostavno zajedničko upravljanje i pristup dokumentima koji pripadaju pojedinoj jedinici, bez obzira kojem entitetu (kupcu, artiklu, zaposleniku, ...) dokument pripada. Mapi mogu pristupiti samo operateri koje je administrator mape ovlastio za takav pristup.